A Tokió felett az ég hol komikus, hol megható szerelmi történet, amely a földi és az égi világ között játszódik. Az egykori gengszter, Chasuke feladata, hogy teát készítsen a mennyben. Egy napon egy földi lány, Yuri életének történetére lesz figyelmes, amelyet egy mennybeli írnok ír végtelen papírtekercsére. Chasuke azonnal beleszeret a lányba. Megtudja, hogy a végzet kitervelőit egy felettes erő egyre vadabb történetek kitalálására buzdítja.Yurit ezért arra ítélték, hogy fiatalon meghaljon egy autóbalesetben. Hogy megmentse a lányt, akit szeret, Chasuke alászáll a földre...